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188宝金博页面版: 大豆GeBP转录因子基因家族的生物信息学分析_巩元勇

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内容提示:   Guihaia   Feb. 2022, 42(2): 294-303http:/ / www.guihaia-journal.comDOI: 10.11931/ guihaia.gxzw202007034巩元勇, 赵丽华, 闫飞, 等. 大豆 GeBP 转录因子基因家族的生物信息学分析 [J]. 广西植物, 2022, 42(2): 294-303.GONG YY, ZHAO LH, YAN F, et al. Bioinformatics analysis of GeBP transcription factor gene family in Glycin max [J].Guihaia, 2022, 42(2): 294-303.大豆 GeBP 转录因子基因家族的生物信息学分析巩元勇 ? , 赵丽华, 闫  飞, 朱丽红( 攀枝花学院 生物与化学工程学院(农学院), 四川 攀枝花 617000 )摘  要: GeBP 转录因子调控植物表皮毛的生长发育,并且参与控制植物叶片的发育。 该文利用生物信息学方法,在大豆全基因组范围内搜索 GeBP 基因家族,并从氨基酸理化性质、基因结构、染色体的物理分布、系统进化、序列比对、功能结构域、组织表达情况等基本特征方面对 GmGeBP 基因家族进行分析。 结果表明:(1)共获得 9 个 GmGeBP 转录因...

文档格式:PDF | 页数:10 | 浏览次数:18 | 上传日期:2022-05-16 13:13:21 | 文档星级:
  Guihaia   Feb. 2022, 42(2): 294-303http:/ / www.guihaia-journal.comDOI: 10.11931/ guihaia.gxzw202007034巩元勇, 赵丽华, 闫飞, 等. 大豆 GeBP 转录因子基因家族的生物信息学分析 [J]. 广西植物, 2022, 42(2): 294-303.GONG YY, ZHAO LH, YAN F, et al. Bioinformatics analysis of GeBP transcription factor gene family in Glycin max [J].Guihaia, 2022, 42(2): 294-303.大豆 GeBP 转录因子基因家族的生物信息学分析巩元勇 ∗ , 赵丽华, 闫  飞, 朱丽红( 攀枝花学院 生物与化学工程学院(农学院), 四川 攀枝花 617000 )摘  要: GeBP 转录因子调控植物表皮毛的生长发育,并且参与控制植物叶片的发育。 该文利用生物信息学方法,在大豆全基因组范围内搜索 GeBP 基因家族,并从氨基酸理化性质、基因结构、染色体的物理分布、系统进化、序列比对、功能结构域、组织表达情况等基本特征方面对 GmGeBP 基因家族进行分析。 结果表明:(1)共获得 9 个 GmGeBP 转录因子基因家族成员,其中仅 2 个基因含有内含子,且都只有 1 个内含子,表明该家族成员基因构造比较简单但稳定。 (2)GmGeBP 编码的蛋白分子量为 39.65~49.24 kD,理论等电点为 4.65~9.08;这些成员基本上都是酸性氨基酸,属于亲水性、不稳定蛋白。 (3)这 9 个基因不均匀的分布于7 条染色体上,10 和 20 号染色体上分别分布 2 个 GeBP 基因,3、5、13、15、19 号染色体上各分布 1 个基因。(4)系统进化分析表明,大豆与拟南芥对应的 GeBP 成员亲缘关系较近,分别聚类到 4 个分支,而与水稻的距离较远。 (5)结构域分析表明,9 个 GmGeBP 成员都包含 DUF573 结构域,推测该部分在 GeBP 转录因子中很可能是与靶标基因顺式作用元件互作的结构域。 (6)通过分析大豆 GmGeBP 转录因子基因家族的组织表达,发现不同基因在大豆不同组织的表达量不同,具有一定的特异性。 该文对大豆 GeBP 转录因子基因家族的分析和鉴定为进一步研究大豆表皮毛发育的分子作用提供了理论基础。关键词: 大豆, GeBP 转录因子, 生物信息, 组织表达中图分类号: Q943    文献标识码: A    文章编号: 1000?3142(2022)02?0294?10Bioinformatics analysis of GeBP transcriptionfactor gene family in Glycin maxGONG Yuanyong ∗ , ZHAO Lihua, YAN Fei, ZHU Lihong( Biological and Chemical Engineering College (Agricultural College), Panzhihua University, Panzhihua 617000, Sichuan, China )Abstract: It has been clarified that GeBP transcription factor regulates the growth and development of plant epidermalhair and participates in the control of plant leaf development. The bioinformatics methods were used to identify the GeBPgene family in the whole Glycin max(soybean) genome, and from physicochemical properties of amino acids, as well asgene structure, physical distribution of chromosomes, phylogenetic tree, and multiple sequence comparison, thefunctional domain, tissues expression and other basic characteristics of GmGeBP gene family were analyzed. The results收稿日期: 2020-11-30基金项目: 国家自然科学基金(31301682);金沙江干热河谷生态修复与治理创新研究团队专项经费(035200179);攀枝花大学科技园发展有限责任公司种子资金“双创”项目(2019?46) [Supported by National Natural Science Foundation of China (31301682);Special Fund for Research Team of Ecological Restoration and Governance Innovation in Dry Hot Valley of Jinsha River (035200179);“Double Creation” Project of Seed Fund of Panzhihua University Science Park Development Co., Ltd. (2019?46)]。第一作者: 巩元勇(1982-),博士,副教授,主要从事植物生物技术研究,(E?mail)gyy2011qh@ 163.com。∗ 通信作者

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