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    188宝金博页面版: 脊尾白虾血细胞全长 cDNA 文库的构建及 EST 序列分析

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    内容提示： 中国水产科学 2013 年 3 月, 20(2): 243?249 Journal of Fishery Sciences of China 研究论文 收稿日期: 2012 ? 05 ? 11; 修订日期: 2012 ? 06 ? 18. 基金项目: 国家 863 计划资助项目(2012AA10A409); 国家虾产业技术体系项目(CARS-47); 公益性行业（农业）科研专项(201103034); 中央级公益性科研院所基本科研业务费资助项目(20603022012021). 作者简介: 段亚飞(1989?), 男, 硕士研究生, 主要从事海水养殖生物种质资源与遗传育种研究. E-mail: dxfei87@126.com 通信作者: 刘萍, 研究员. E-mail: liupi...

    文档格式：PDF | 页数：7 | 浏览次数：62 | 上传日期：2015-03-19 18:01:08 | 文档星级：
    中国水产科学 2013 年 3 月, 20(2): 243−249 Journal of Fishery Sciences of China 研究论文 收稿日期: 2012 − 05 − 11; 修订日期: 2012 − 06 − 18. 基金项目: 国家 863 计划资助项目(2012AA10A409); 国家虾产业技术体系项目(CARS-47); 公益性行业（农业）科研专项(201103034); 中央级公益性科研院所基本科研业务费资助项目(20603022012021). 作者简介: 段亚飞(1989−), 男, 硕士研究生, 主要从事海水养殖生物种质资源与遗传育种研究. E-mail: dxfei87@126.com 通信作者: 刘萍, 研究员. E-mail: liuping@ysfri.ac.cn DOI: 10.3724/SP.J.1118.2013.00243 脊尾白虾血细胞全长 cDNA 文库的构建及 EST 序列分析 段亚飞 1,2 , 刘萍 2 , 李吉涛 2 , 李健 2 , 陈萍 2 1. 上：Ｑ蟠笱 水产与生命学院, 上海 201306; 2. 中国水产科学研究院 黄海水产研究所, 山东 青岛 266071 摘要: 采用 SMART 技术(Switching Mechanism At 5′ end of RNA Transcript)构建了脊尾白虾(Exopalaemon carini-cauda)血细胞全长 cDNA 文库。结果表明：cDNA 初级文库滴度为 2.8×10 6 pfu/mL, 重组率达 99%以上, 插入片段在 400~2 000 bp; 扩增文库滴度为 4.3×10 9 pfu/mL。随机挑取 100 个单克隆进行测序, 得到 95 条平均长度为 493 bp的高质量 EST 序列, 序列拼接获得 70 条 unigenes, 包括 11 条 contigs 和 59 条 singlets。Blast 同源比对发现, 其中20 条 unigenes 与数据库中已知基因同源性较高, 2 条为未知基因, 48 条未知序列。通过同源性比较筛选出多个与生长、代谢、免疫等相关的功能基因, 如肌钙蛋白Ⅰ、烯醇酶、抗脂多糖因子、溶菌酶等基因。结果证实, 所构建的脊尾白虾血细胞全长 cDNA 文库质量较高, 可在短期内获得大量脊尾白虾血细胞组织的功能基因表达信息。本研究旨在为脊尾白虾功能基因的发掘和分子标记的筛选提供素材。 关键词: 脊尾白虾; 血细胞; cDNA 文库; EST; 序列分析 中图分类号: Q959 文献标志码: A 文章编号: 1005−8737−(2013)02−0243−07 脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda), 隶属于节肢动物门(Arthropoda)、甲壳纲(Crustacea)、十足目(Decapoda)、游泳亚目(Natantia)、长臂虾科(Palaemonidae)、白虾属, 是中国黄、渤海地区重要的经济虾类 [1−2] 。因其繁殖能力强、生长速度快、环境适应性强等优点 [3] , 近年来脊尾白虾的饲养面积得到迅速扩大。目前, 关于脊尾白虾的研究主要集中于养殖 [4] 、病害 [5] 、生物学 [6] 、微卫星引物筛选 [7] 和遗传多样性 [3] 等方面, 而关于其功能基因的研究仅有少数报道 [8−9] 。随着脊尾白虾养殖规模的不断扩大, 病害问题亦日渐突出, 近年来不断有混养池塘中脊尾白虾感染疾病而造成经济损失的现象 [5] 。解决这一问题的关键是加强脊尾白虾抗病及免疫机制的研究, 脊尾白虾功能基因的研究能为疾病防治提供理论基础。因此, 脊尾白虾基因信息的获得显得极为迫切。 cDNA 文库的构建及 EST 分析是目前发现新基因和研究功能基因的有效手段 [10−13] 。EST 是从cDNA 文库中通过随机挑取单克隆进行单向测序获得的在特定时期表达的基因序列 [13] 。通过 EST测序, 可以用来识别功能基因 [11−12] , 开发分子标记(如微卫星、SNP) [14−16] , 构建遗传连锁图谱和物理图谱 [17] , 分析不同组织器官中基因表达模式 [18] 等。 近年来, cDNA 文库的构建及 EST 分析在多种虾类中已有研究报道, 并取得较大的研究进展, 如中国对虾(Fenneropenaeus chinensis) [19] 、日本对虾(Penaeus japonicus) [20] 、斑节对虾(Penaeus monodon) [21] 、凡纳滨对虾(Litopenaeus van-namei) [10] 和罗氏沼虾(Macrobrachium rosenber- gii) [22] 等, 但脊尾白虾 cDNA 文库构建及 EST 分

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